Црква је неколико пута током 19. вијека дјелимично страдала, а обнављана је 1839. године.

Црква посвећена Рођењу Пресвете Богородице (Мала Госпојина) саграђена је 1803. године, на темељима постојећег храма. Не зна се да ли је на том или у непосредној близини постојала црква или манастир, нити име богомољ.

Двије су легенде у постанку ове цркве.

Прва легенда гласи:

– А, бре, рајо, шта то градите?

– Лепи ага – одговори старјешина Лесковчана – градимо кућу нашем попу!

– А шта ће му, море, толика?

– Лепи Ага, ево, нас је много, у царскоме здрављу; а сви треба да имамо мјеста, кад дођемо своме учитељу, своме попу.

Турци виде да толика грађевина није налик на поповску кућу, али, с друге стране, огњиште и димњак не граде се на згради црквеној. Слегну раменима и оставе Лесковчане на миру.

Друга легенда гласи:

Чувши да су хришћани добили ферман за изградњу цркве, варошки Турци, да би их од тога одвратили, рекли су да црква не смије бити пространија од једне бивоље коже. Но, хришћани се досјете, те једну бивољу кожу исјеку на каишеве и тиме уоквире простор на коме ће градити цркву. Тако су Лесковчани надмудрили Турке, наводи портал Лепоте Србије.

Ове двије легенде су продукт народног предања, а сврха њиховог настанка је да покажу како је Српски народ током петовјековног ропства био на политичком, економском и војном пољу много слабији од Турака, али је на интелектуалном пољу могао да им парира. Тако су настале и приче као што су, на примјер, „Еро с онога света”, „Кадија те тужи – кадија ти суди”, и многе друге. Тако треба схватити и легенде о настанку лесковачке цркве. А огњиште које и данас постоји у цркви, сада адаптирано и са другом сврхом, вјероватно је тада служило у практичне сврхе, како би храм могао зими да се загрије.