Размјере усташке бестијалности су навеле италијанског генерала Алесандра Лузана да пошаље детаљан извjештај о овом злочину Мусолинију.

Масакр у Пребиловцима су извршиле усташе између 6. и 11. августа 1941. под командом Ивана Јовановића званог Црни, над 826 од укупно 994 Срба села Пребиловци, углавном жена, дјеце и стараца. Већина је жива бачена у јаму Голубинку, док су остали били убијени на лицу мјеста. Педесет и четири српска домаћинства Пребиловаца су тим покољем била заувијек угашена.

Рано ујутру 4. августа 1941. године хиљаду до хиљаду и по усташа напало је село из три правца. У селу су биле углавном жене, дјеца и старци док одрасли мушкарци, у страху од усташа, нису спавали код својих кућа. Усташе су по уласку у село отпочеле са претресањем кућа, прикупљањем становништва, силовањем жена и дјевојака и пљачком ствари. Становници центра села су били довезени су код зграде основне школе, наводи Википедија.

Усташке оргије садизма и бестијалности над незаштићеним женама и дјевојкама, а нарочито над дјевојчицама од 12 до 15 година, су трајале неколико часова. Једина особа која се је спасила и жива изашла из школе у Пребиловцима била је Мара Булут. По њеним ријечима, усташе су вадиле из колевки бебе и разбијале дјечије главе о зид школе пред очима њихових мајки.

Након свих ових злостављања и мучења, усташе су становнике центра села још у току тог дана отерјали према Чапљини и затвориле у злогласни „Силос” код села Тасовчића и ту су преноћили, без хране и воде.

Сутрадан, 5. августа отјерани су на железничку станицу у Чапљину одакле су увече истог дана транспортовани у специјалној композицији вагона до села Шумранци. Жене, дјецу и старце затворене у овим вагонима чувало је око 300 усташа под командом Андрије Буљана до јутра 6. августа.

У раним јутарњим часовима 6. августа, похватано и преживјело становништво Пребиловаца је истерано из вагона, сврстано у колону и потјерано уз брдо према селу Шурманцима. Колона је била подвргнута детаљном претресу и опљачкана а затим дотјерана до јаме „Голубинке”.

Покољ, тј. бацање преживјелих у ову јаму, је трајао пуних шест часова (од 7,30 до 13,30 часова). Према подацима који су утврђени на судском процесу у Мостару, за то вријеме је у јаму „Голубинку” бачено 470 лица: 237 дјеце и 233 жене. Касније је утврђено да је тога дана у јаму „Голубинку” бачено више од 500 лица. На поменутом процесу је такође утврђено да су усташки злочинци прије и послије 6. августа доводили мање и веће групе жртава у Шурманце осам пута и бацали их у ту јаму.

Мјесец дана након покоља, усташе су населиле у Пребиловце 60-70 хрватских породица из Љубушког и Чапљинског среза, а Пребиловцима су променили назив у Ново Село. Када су Италијани окупирали Херцеговину, усташка посада и насељеници су напустили Пребиловце.

Усташе су бјежале из Пребиловаца јер су Италијани били почели да хапсе усташке кољаче и пружају заштиту Србима, првенствено у градовима. Усташе су из Пребиловаца однијеле све што се могло однети и што је било вриједно. У материјалима Земаљске комисије за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача пише да је из Пребиловаца опљачкано око 10.000 грла ситне и 1.000 грла крупне стоке заједно са читавом покретном имовином. Жито и вредније ствари усташе су камионима превозиле у Чапљину — наводно за потребе болнице и усташких институција у том градићу.

Размјере усташке бестијалности су навеле италијанског генерала Алесандра Лузана да пошаље детаљан извештај о овом злочину Мусолинију. У овом писму Лузано истиче да је учитељица Стана Арнаутовић силована пред њеним ђацима и да су чак и дјевојчице од осам годима биле силоване. Лузано се згражава над чињеницом да је у овом срамном чину силовања учествовао и један свештеник римокатоличке цркве.

Са хрватске стране једини који је дигао глас протеста против овог масакра и покоља Срба у Херцеговини је био мостарски надбискуп Алојзије Мишић. Мишић, који иначе није био против присилног покрштавања Срба, пише Бискупској конференцији римокатоличке цркве у Загребу, 17. новембра 1941.

„Људе се хватало ко звјериње. Клало, убијало, — живе у понор бацало. Женске, мајке с дјецом, одрасле дјевојке, дјецу женску и мушку су бацали у јаме. Поджупан у Мостару господин Баљић, јавно изговара, ко чиновник, мора би да шути не да телали, да је у Љубињу само у једну јаму 700 православаца бачено. Од Мостара до Чапљине одвезла је жељезница шест пуних вагона жена, мајка и фјевојака, дјеце испод десет година до станице Шумранци, гдје су извагонирани, одведени у брда, живе матере с дјецом бацали у дубоке пропунте. Све је стрмоглављено и убијено. У жупи Клепци из околних села Н. Н. 3 700 православаца убијено је. Јадници, били су мирни. Даље не набрајам. Предалеко бих отишао. У самом граду Мостару на стотине их је везало, одводило изван града па ко живине убијали“.

Из записника Земаљске комисије за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача БиХ од 7. јула 1946. у коме су сачуване изјаве преживјелих свједока масакра види се да су усташе биле приредиле бестијалне оргије силовања, не само жена и дјевојака него и дјевојчица у доби од 12 до 15 година.

По свједочењу једине жене која је преживјела овај масакр, Маре Булут, усташе су вадиле дјецу из колијевки и, држећи их за ноге, разбијали дјечије главе о зид па их враћале несрећним мајкама. Мара Булут је свједочила да су усташе нагониле 22-годишњег младића Максима Булута да силује своју сестру од стрица, Стоју Булут, што је он одбио. Овога су младића усташе потом подвргли страшним мукама.

Усташа Мерџан Никола је силовао 4. аугуста учитељицу Стану Арнаут у школи, а затим је препустио њеним ученицима из Габеле да је групно силују недјељу дана све док ова жена није полудјела након чега је била масакрирана и закопана у школском дворишту. Дјевојке које су се браниле од насилника завршиле су скоро наге и тако послане у смрт. Силовање дјевојчица пред њиховим мајкама је био страшни ритуал у коме су мајке биле принуђене да придржавају своје малолетне кћери док их усташе силују.

УДБА је 1957. године извела пред Окружни суд у Мостару 14, од бар 150 усташа-јамара из Шурманаца, Међугорја и Бијаковића, на челу са Иваном Јовановићем Црним. Члан судског вијећа био је, као поротник, Јозо Јелчић, који је 1941. године насељавао усташе у празне српске куће у Пребиловцима.

Послије рата, главни злочинац Иван Јовановић Црни је побегао и прикључио се Титовим партизанима у мају 1945. у Жумберку. Потом је побјегао у околину Суботице гдје се крио све до 1956. када је ухваћен. Погубљен је 1958. године. Само пет других усташа учесника у овом покољу је осуђено на смрт, а главни мозак овог покоља, Лудвиг Јовановић, брат Црног, је добио само седам година затвора.

Укупно је на суд, од бар 300 злочинаца изведено само 7 других који су осуђени на 7-8 година затвора. У пресуди Ивану Јовановићу Црном, Окружни суд у Мостару је констатовао да су потпуно угашена 33 пребиловачка огњишта и да је укупно страдало (убијено, пугинуло или бачено у шурманску јаму) 830 особа.

Комунистичке власти Југославије су скривале истину о размјерама овог злочина тако да су забрањивале вађење костију српских жртава из крашких јама у које су жртве биле бачене. Отвори већине од ових јама су били забетонирани 1961. године по налогу комунистичких власти.

До Другог свјетског рата Пребиловци су имали преко 1000 становника, рат је преживјело само 172 становника.

Од септембра 1990. године је спелеолошка организација „Зелена брда” вадила из крашких јама на подручју доње Неретве посмртне остатке Срба страдалих од усташа у Другом свјетском рату. Ова је организација из јаме Голубњача у Ржаном долу извадила остатке преко 1000 жртава. Из јаме Шумранци су извадили остатке 800 а из јаме на Бивољем брду остатке преко 1000 жртава.

У децембру исте године је овај посао наставила екипа спелеолошког одсека Планинарског савеза Београда. По подацима који су добијени од мјештана било је 13 јама у које су усташе бацали убијене и живе Србе. Кости су вађене из седам јама: Голубинке, јаме крај села Шурмановца, јаме на Бивољем брду, Видоње крај Житомислића, из две јаме крај Хутова и Горње и Доње Кукавуше.

На основу снимљених материјала приликом вађења костију, те свједочанства особа које су преживјеле ове покоље, снимљена је документарна ТВ емисија „Ево наше дјеце” у режији Здравка Шотре.

Српска православна црква је 6. августа 2015. године жртве из Пребиловаца канонизовала као Свете мученике пребиловачке.

Током рата 1991—1995. све куће у Пребиловцима су биле спаљене и срушене. Спомен-костурница у Пребиловцима у коју су биле положене кости Срба из Пребиловаца и околних села, побијених и бачених у јаме током Другог свјетског рата, су 1992. године минирале и сравниле са земљом хрватске снаге. На месту на коме се налазила спомен-црква у којој су биле кости око 4000 Срба извађених из јама 1990—1991. године је направљена депонија отпада.

Име Ивана Јовановића Црног је међу око 1600 усташа погинулих „за хрватску слободу” на споменику у Чапљини подигнутом 2002. године, наводи се на Википедији.