Прије него што ће се прогласити за цара 1346 године, Душан је обавио неопходне припреме како у Србији тако и према државама од којих је за свој чин очекивао подршку. Душан је српску архиепископију дигао у ранг патријаршије, на шта Византија и Цариградска патријаршија нису могли ни у ком виду да пристану.

цар Душан

Одлуком цариградског патријарха Калика, донијетом 1352. године, изопштена је и осуђена на екскомуникацију српска висока црквена јерархија, која након тога више није била у канонским односима са Цариградом, а вјероватно ни са другим православним цркавама, што је значило да се налазила у расколу.

Од Васељенске цркве је био одлучен и српски двор, док ниже свештенство и народ нису били екскомуницирани. Анатема је, дакле, била усмјерена против цара Душана, српског патријарха и његових архијереја.

Ова анатема, указује академик Димитрије Богдановић, сводила се на раскол политичког и јерархијског карактера, није се протезала на народ, па се стога и „могла скинути дипломатским споразумом политичких и црквених власти, васпостављањем нормалних односа у договору и попуштању, без спектакуларних покајничких чинова“.

Византија није могла да призна ни Душаново крунисање за цара, ни стварање српске патријаршије. И једно и друго било је у супротности са најосновнијим начелима византијске политичке и црквене идеологије.

Како је Византија још у 9. вијеку, на примјеру Карла Великог, нашла солуцију признајући царску титулу без ознака универзалности, слично компромисно решење је примијенила и на Србију скоро шест вјекова касније. Тако у једној повељи из 1351. године, василевс Јован V Палеолог, на молбу „преузвишеног цара Србије“, потврђује посједе манастира Хиландара.

У Византији цариградски патријарх крунисао је византијског цара, док је папа то чинио на Западу. Како Душан није могао очекивати царску круну ни из једног од ова два хришћанска центра, „одлучено је да се ово достоајнство додијели српском архиепископу“ како би овај могао да га крунише. Одлуку су подржале Српска и Охридска архиепископија, као и Бугарска патријаршија, тако да је уз пристанак три аутокефалне цркве  и присуство српских епископа и бугарског патријарха, српски архиепископ Јоаникије проглашен за патријарха.

Дакле, на државном сабору у Скопљу, на Цвијети, 9. априла 1346, године, у цркви Богородице Тројеручице, свечано је проглашен за српског патријарха доташањи пећки архиепископ Јоаникије II. Титула му је била: патријарх свих српских и поморских земаља.

У житију патријарха Јоаникија, наводи се да је он крунисао Душана за Цара, у Скопљу, на Ускрс 1346 године, „благословом и руком преосвештеног патријарха Јоаникија и свих архијереја сабора српског, благословом и руком преосвештеног патријарха бугарског господина Симеона и свих архијереја сабора бугарског, а и молитвама и благословом свечаног сабора Свете Горе Атона, притом и свим игуманима и свим старцима сабора светогорскога“.