Био је млађи брат Алексе Ненадовића. У мемоарима проте Матије, наводи се да је продица Ненадовић поријеклом из старе Херцеговине. Послије Велике сеобе Срба крајем 17. века, преко Босне и Осечине долазе у плодну Бранковину, гдје проналазе нови дом. Ту је у породици Стефана Ненадовића, угледног домаћина, око 1765. године рођен Јаков Ненадовић. За разлику од бунтовног старијег брата, одлучује се за трговину свињама.

Трагична смрт Алексе у Сечи кнезова, промијениће ток живота тада већ угледног и богатог трговца. Као нова глава породице Ненадовић и кнез ваљевске нахије, а уз подршку синовца Матије Ненадовића, креће у борбу против Турака. Испоставиће се да је овај „трговац свињама“ у себи крио изванредно способног војсковођу. Ослобађа Шабац и Ваљево који су се налази под окупацијом јаничара, склапа примирје са босанским беговима, бори се против зулума хајдука који су покушали да искористе устанак у своју корист.

Убрзо успоставља власт у читавој Западној Србији и током двије године успјешно се супроставља нападима турске војске из Босне. Тек послије пробоја фронта 1806. године, тражи Карађорђеву помоћ. Услиједиће одлучујућа побједа у Боју на Мишару, која ће Карађорђу омогућити да Ненадовићеве нахије стави под своју власт. Наиме, у Шабачкој и Сокоској нахији поставља нову власт, а Јакову оставља на управљање само Ваљевску нахију.

Послије Карађорђа и Јанка Катића имао је највећи углед у земљи, па је био један од вођа опозиције против Карађорђа. Доприњео је да се у Србији 1805. године уведе Правитељствујушчи совјет. 1810. године Карађорђе је морао да попусти опозицији, па је на мејсто Миловановића за предсједника совјета постављен Јаков. Он се потом приближио Карађорђу, пристао на уставне одредбе од 1811. године, и постао попечитељ унутрашњих послова. Током устанка Јаков је у борбама заробио један француски топ са француском посадом које је Наполеон Бонапарта послао Турцима у испомоћ. Судбина артиљераца је непозната, али се зна да је Јаков топ закопао и да га је послије устанка ископао Петар Молер и користио у Другом српском устанку.

Током свог двогодишњег министровања, трудио се да у хаотичној држави успостави ред и мир, створи основе за развој правичних полицијских снага и да грађанима пружи осјећај сигурности, како личне, тако и имовинске. Био је и један од првих српских дипломата коме су повјерене изузетно важне дипломатске мисије у Русији и Влашкој. Послије пропасти Првог српског устанка 1813. са Карађорђем је напустио Србију и емигрирао у Аустрију, а следеће 1814. године је стигао у Бесарабију. Са Карађорђем се налазио у депутацији на двору код цара Александра И у Петрограду 1816. године, подсјећа Националист.

И док су други устаници бјежали из Србије мислећи само како да сачувају живу главу, Јаков је остао вјеран држави. Прикупио је и понио у расејање са собом бројна и значајна државна акта. Са собом је повео и супругу Неранџу, дјецу Јеврема, Пантелију, Јулку и Александра са породицама.

Наредне двије деценије, породица Ненадовић дом далеко од дома засноваће у Бесарабији, на обали Дњестра. Ту ће се маја 1830. године вјенчати Персида, Јаковљева унука и Јевремова ћерка, и Александар, млађи Карађорђев син. Захваљујући овом браку, Ненадовићи ће се послије прогонства кнеза Милоша још једном уздићи међу српску владарску елиту.

Војвода Јаков Ненадовић вратиће се исте године у Србију послије скоро двије деценије изгнанства. Позне године провешће у ваљевској нахији. Од државе и кнеза Милоша добија симболичну пензију од 60 талира, уз опаску да је „већ примио на име мировине капитал, од кога он и фамилија његова уживају“. Не треба посебно спомињати да је због Милошеве самовоље владала велика нетрпељивост између Ненадовића и кнеза.

Управо ће овај сукоб бити и повод за причу да је за Ненадовићеву смрт одговоран сам кнез Милош. Наиме, причало се да је, када се пред крај живота Јаков озбиљно разболио, помоћ потражио у Београду. Ту му је, наводно, кнежев лекар Куниберт преписао неки лијек који је Јаков попио и недуго потом преминуо. Ово је био повод да се наглаба о томе како је кнез наредио смакнуће моћног политичког противника.

Било како било, као званична година смрти наводи се 1836. године, а као мјесто Бранковина.