Манастир Свети Архангели подигнут је на мјесту једне старије цркве, а грађен је од 1343. до 1352. године, као задужбина цара Душана.

Како и приличи монументалној задужбини најмоћнијег балканског владара оног доба, у њему је живјело око двјеста монаха са првим игуманом, блаженим митрополитом Јаковом, који се старао о изградњи манастира.

Манастирска добра простирала су се од Шарпланине до Јадранског мора. Цар је оснивачком повељом Светим Архангелима поклонио 93 села, рудник гвожђа у Топлици, плодну земљу и винограде.

Приходи од богатог призренског трга припадали су манаситиру, уље је стизало из Бара, а риба из Скадарског и Плавског језера. Међу мајсторима који су повељом даровани манастиру налазе се и зидари Петрош, Војислав, Срдан, Нос и Војихна, за које се сматра да су учествовали и у његовој изградњи.

У главној манастирској цркви сахрањен је цар Душан, а помирење Српске православне цркве и Цариградске патријаршије, које се догодило у манастиру, најзначајнији је догађај након Душанове смрти.

Историчар Константин Јиречек пише да су 1375. године, послије измирења српске и грчке цркве, изасланици обију цркава одржали службу на гробу цара Душана и скинули анатему са њега, цара Уроша и патријараха Јоаникија и Саве. Једно вријеме је у манастиру боравио свети Јефрем, српски патријарх у вријеме Косовског боја.

У периоду након доласка Турака на Балкан, о животу манастира нема много података. Падом Призрена 1455. године, манастир је заузет и оштећен. Ретки историјски извори и археолошка истраживања казују да читав комлекс пропада, а од друге половине 16. вијека почиње његово темељно рушење, наводи портал Љепоте Србије.

Цркву је потпуно порушио Синан паша, а материјал са уништеног манастира користио је 1615. године за изградњу своје џамије у Призрену. Напуштен, сравњен са земљом и засут плавином, споменик је у таквом стању остао три вијека. За све то вријеме, народ га никада није изгубио из памћења. И у тим смутним временима на рушевинама су се окупљали Срби два пута годишње, о летњем и јесењем Светом Архангелу, чувајући средњовјековну традицију о саборима у Призрену, од којих су се два одржавала и тада у архангелском манастиру.

Током мартовских немира 2004, манастирски комплекс се нашао на удару албанских екстремиста, иако се практично налазио у склопу базе КФОР-а. Цјели конак је спаљен и разрушен, као и звоник и дуборезачка радионица, а страдала је и плоча на гробници цара Душана која је сломљена, док је сама гробница оскрнављена.